پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران:

دکتر چمران با پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی ایران، بعد از 23 سال هجرت، به وطن باز می‏گردد. همه تجربیات انقلابی و علمی خود را در خدمت انقلاب می‏گذارد؛ خاموش و آرام ولی فعالانه و قاطعانه به سازندگی می‏پردازد و همة تلاش خود را صرف تربیت اولین گروه‏های پاسداران انقلاب در سعدآباد می‏کند. سپس در شغل معاونت نخست‏وزیر در امور انقلاب شب و روز خود را به خطر می‏اندازد تا سریع‏تر و قاطعانه‏تر مسئله کردستان را فیصله دهد تا اینکه بالاخره در قضیة فراموش ناشدنی «پاوه» قدرت ایمان و ارادة آهینن و شجاعت و فداکاری او بر همگان ثابت می‏گردد.

در کردستـان:

در آن شب مخوف پاوه، همة امیدها قطع شده بود و فقط چند پاسدار مجروح، خسته و دل‏شکسته در میان هزاران دشمن مسلح به محاصره افتاده بودند. اکثریت پاسداران قتل‏عام شده بودند و همة شهر و تمام پستی و بلندی‏ها به دست دشمن افتاده بود و موج نیروهای خونخوار دشمن لحظه به ‏لحظه نزدیک‏تر می‏شد. باران گلوله می‏بارید و می‏رفت تا آخرین نقطه مقاومت نیز در خون پاسداران غرق گردد. ولی دکتر چمران با شهامت و شجاعت و ایثارگری فراوان توانست این شب هولناک را با پیروزی به صبح امید متصل کند و جان پاسداران باقی‏مانده را نجات دهد و شهر مصیبت‏زده را از سقوط حتمی برهاند.

آنگاه فرمان انقلابی امام‏خمینی(ره) صادر شد. فرماندهی کل قوا را به دست گرفت و به ارتش فرمان داد تا در 24 ساعت خود را به پاوه برساند و فرماندهی منطقه نیز به عهدة دکتر چمران واگذار شد.

رزمندگان از جان گذشته انقلاب، اعم از سرباز و پاسدار به حرکت درآمدند و همة تجارب انقلابی، ایمان، فداکاری، شجاعت،‌قدرت رهبری و برنامه‏ریزی دکتر چمران در اختیار نیروهای انقلاب قرار گرفت و عالی‏ترین مظاهر انقلابی و شکوهمندترین قهرمانی‏ها به وقوع پیوست و در عرض 15 روز شهرها و راه‏ها و مواضع استراتژیک کردستان به تصرف نیروهای انقلاب اسلامی درآمد و کردستان از خطر حتمی نجات یافت و مردم مسلمان کرد با شادی و شعف به استقبال این پیروزی رفتند.

وزارت دفـاع:

دکتر چمران بعد از این پیروزی بی‏نظیر به تهران احضار شد و از طرف رهبر عالیقدر انقلاب، امام‏خمینی(ره)، به وزارت دفاع منصوب گردید.

در پست جدید، برای تغییر و تحول ارتش از یک نظام طاغوتی، به یک سلسله برنامه‏های وسیع بنیادی دست زد که پاک‏سازی ارتش و پیاده کردن برنامه‏های اصلاحی از این قبیل است تا به یاری خدا و پشتیبانی ملت، ارتشی به وجود آید که پاسدار انقلاب و امنیت  استقلال کشور باشد و رسالت مقدس اسلامی ما را به سرمنزل مقصود برساند.

مجلـس:

دکتر مصطفی چمران در اولین دور انتخابات مجلس شورای اسلامی، از سوی مردم تهران به نمایندگی انتخاب شد و تصمیم داشت در تدوین قوانین و نظام جدید انقلابی، بخصوص در ارتش،‌ حداکثر سعی و تلاش خود را بکند تا ساختار گذشتة ‌ارتش به نظامی انقلابی و شایسته ارتش اسلامی تبدیل شود. در یکی از نیایش‏های خود بعد از انتخاب نمایندگی مردم در مجلس شورای اسلامی، اینسان خدا را شکر می‏گوید: «خدایا، مردم آنقدر به من  محبت کرده‏اند و آنچنان مرا از باران لطف و محبت خود سرشار کرده‏اند که به راستی خجلم و آنقدر خود را کوچک می‏بینم که نمی‏توانم از عهده آن به درآیم. خدایا، تو به من فرصت ده، توانایی ده تا بتوانم از عهده برآیم و شایستة این همه مهر و محبت باشم.»

وی سپس به نمایندگی رهبر کبیر انقلاب اسلامی در شورایعالی دفاع منصوب شد و مأموریت یافت تا بطور مرتب گزارش کار ارتش را ارائه کند.

در خوزستـان:

گروهی از رزمندگان داوطلب، به گِرد او جمع شدند و او با تربیت و سازماندهی آنان، ستاد جنگ‏های نامنظم را در اهواز تشکیل داد. این گروه کم‏کم قوت گرفت و منسجم شد و خدمات زیادی انجام داد. تنها کسانی که از نزدیک شاهد ماجراهای تلخ و شیرین،‌ پیروزی‏ها و شکست‏ها، شهامت‏ها و شهادت‏ها و ایثارگری‏های آنان بودند، به گوشه‏ای از این خدمات که دکترچمران شخصاً مایل به تبلیغ و بازگویی آنها نبود، آگاهی دارند.

ایجاد واحد مهندسی فعال برای ستاد جنگ‏های نامنظم یکی از این برنامه‏ها بود که به کمک آن، جاده‏های نظامی به سرعت در نقاط مختلف ساخته شد و با نصب پمپ‏های آب در کنار رود کارون و احداث یک کانال به طول حدود بیست کیلومتر و عرض یک متر در مدتی حدود یک‏ماه، آب کارون را به طرف تانک‏های دشمن روانه ساخت، به طوری که آنها مجبور شدند چند کیلومتر عقب‏نشینی کنند و سدی عظیم مقابل خود بسازند و با این عمل فکر تسخیر اهواز را برای همیشه از سر به دور دارند.

یکی از کارهای مهم و اساسی او از همان روزهای اول، ایجاد هماهنگی بین ارتش، سپاه و نیروهای داوطلب مردمی بود که در منطقه حضور داشتند. بازده این حرکت و شیوة جنگ مردمی و هماهنگی کامل بین نیروهای موجود، تاکتیک تقریباً جدید جنگی بود؛ چیزی که ابرقدرت‏ها قبلاً فکر آن را نکرده بودند. متأسفانه این هماهنگی در خرمشهر بوجود نیامد و نیروهای مردمی تنها ماندند. او تصمیم داشت به خرمشهر نیز برود، ولی به علت عدم وجود فرماندهی مشخص در آنجا و خطر سقوط جدی اهواز، موفق نشد ولی چندین‏بار نیروهایی بین دویست تا یک‏هزار نفر را سازماندهی کرده و به خرمشهر فرستاد و آنان به کمک دیگر برادران مقاوم خود توانستند در جنگی نابرابر مقابل حملات پیاپی دشمن تا مدت‏ها مقاومت کنند.

محرم ماه شهادت و پیروزی سوسنگرد:

پس از یأس دشمن از تسخیر اهواز، صدام سخت به فتح سوسنگرد دل‏بسته بود تا رویای قادسیه را تکمیل کند و برای دومین‏بار به آن شهر مظلوم حمله کرد و سه روز تانک‏های او شهر را در محاصره گرفتند و روز سوم تعدادی از آنان توانستند به داخل شهر راه یابند.

دکتر چمران که از محاصره تعدادی از یاران و رزمندگان شجاع خود در آن شهر سخت برآشفته بود، ‌با فشار و تلاش فراوان خود و آیت‏الله خامنه‏ای، ارتش را آماده ساخت که برای اولین‏بار دست به یک حمله خطرناک و حماسه‏‏آفرین نابرابر بزند و خود نیز نیروهای مردمی و سپاه پاسداران را در کنار ارتش سازماندهی کرد و با نظمی نو و شیوه‏ای جدید از جانب جادة اهواز- سوسنگرد  به دشمن یورش بردند. شهیدچمران پیشاپیش یارانش، به شوق کمک و دیدار برادران محاصره شده در سوسنگرد، به سوی این شهر می‏شتافت که در محاصرة تانک‏های دشمن قرار گرفت. او سایر رزمندگان را به سوی دیگری فرستاد تا نجات یابند و خود را به حلقة‌ محاصرة دشمن انداخت؛ چون آنجا خطر بیشتر بود و او همیشه به دامان خطر فرو می‏رفت. در این هنگام بود که نبرد سختی درگرفت؛ نیروهای کماندوی دشمن از پشت تانک‏ها به او حمله کردند و او همچون شیری در میدان، در مصاف با دشمن متجاوز از نقطه‏ای به نقطه‏ای دیگر و از سنگری به سنگری دیگر می‏رفت. کماندوهای دشمن او را زیر رگبار گلولة خود گرفته بودند، تانک‏ها به سوی او تیراندازی می‏کردند و او شجاعانه بدون هراس از انبوه دشمن و آتش شدید آنها سریع، چابک، برافروخته و شادان از شوق شهادت در رکاب حسین(ع) و در راه حسین(ع). در روز قبل از تاسوعا، به آتش آنها پاسخ گفته و هر لحظه سنگر خود را تغییر می‏داد. در همین اثناء، هم‏رزم باوفایش به شهادت رسید و او یک‏تنه به نبرد حسین‏گونه خود ادامه می‏داد و به سوی دشمن حمله می‏برد. هرچه تنور جنگ گرم‏تر کی‏شد و آتش حمله بیشتر زبانه می‏کشید، چهرة ملکوتی او، این مرد راستین خدا و سرباز حسین(ع)، گلگون‏تر وشوق به شهادتش افزون‏تر می‏شد تا آنکه در حین «رقص چنین میانه میدان» از دو قسمت پای چپ زخمی شد. خون گرم او با خاک کربلای خوزستان درهم آمیخت و نقشی زیبا از شجاعت و عشق به شهادت و تلاش خالصانه در راه خدا آفرید و هنوز هم گرمی قطرات خون او گرمی‏بخش رزمندگان باوفای اسلام و سرخی خونش الهام‏بخش پیروزی نهایی و بزرگ آنان است.

با پای زخمی بر یک کامیون عراقی حمله برد. سربازان صدام از یورش این شیر میدان گریخته و او به کمک جوان چابک دیگری که خود را به مهلکه رسانده بود، به داخل کامیون نشست و با لبانی متبسم، دیگران را نوید پیروزی می‏داد.

خبر زخمی شدن سردار پرافتخار اسلام، در نزدیکی دروازة سوسنگرد، شور و هیجانی آمیخته با خشم و اراده و شجاعت در یاران او و سایر رزمندگان افکند که بی‏محابا به پیش تاختند و شهر قهرمان و مظلوم سوسنگرد و جان چند صد تن رزمندة مؤمن را از چنگال صدامیان نجات بخشیدند. دکتر چمران با همان کامیونی که خود را به بیمارستانی در اهواز رسانید و بستری شد، اما بیش از یک شب در بیمارستان نماند و بعد از آن به مقر ستاد جنگ‏های نامنظم و دوباره با پای زخمی و دردمند به ارشاد یاران وفادار خود پرداخت. جالب اینجا بود که در همان شبی که در بیمارستان بستری بود، جلسة مشورتی فرماندهان نظامی (تیمسار شهیدفلاحی، فرماندة لشگر 92، شهید کلاهدوز، مسئولین سپاه و سرهنگ محمد سلیمی که رئیس ستاد او بود)، استاندار خوزستان و نمایندة امام در سپاه پاسداران (شهیدمحلاتی) در کنار تخت او در بیمارستان تشکیل شد و درهمان حال و همان شب، پیشنهاد حمله به ارتفاعات الله‏کبر را مطرح کرد.